Muzejske zgrade
Muzej je smješten u dva povijesna zdanja, u Čardaku i Agenciji, te od 2003. i u novome objektu u kojemu se nalaze prostori za čuvanje građe i uredi djelatnika. Muzejska zdanja Čardak, Agencija i spremište s uredima nalaze se neposredno uz obalu Save u zapadnome dijelu Županje.
Županjski Graničarski čardak jedini je takav očuvani primjer vojnokrajiške obrambene arhitekture na vrlo dugom limesu uz Savu, na negdašnjoj granici Austrije i Turske. Građen je početkom 19. st. kao središnji graničarski punkt, odnosno kao stražarnica na granici prema Turskoj. Ukinućem Vojne krajine postaje općinskim vlasništvom, a od 1907. privatnim. Čardak je sve do 1957., odnosno do 1964. godine služio kao stambeni objekt, kada je, konačno, otkupljen za potrebe Muzeja.

Čardak u Županji pripada tipu zatvorene stražarnice s trijemom (balaturom), a uz prostor za graničare u njemu je najvjerojatnije bio i stan kordonskoga časnika - kapetana. Na kat se penjalo unutarnjim stubama, a trijem je omogućivao bolji nadzor granice i kretanje graničara. Iako je zadržao glavna svojstva izvorne gradnje, Čardak danas nema potpuno izvorni oblik. Prizemlje je u početku bilo otvoreno, s tri reda po četiri stupa koji su nosili prvi kat s masivnim hrastovim trijemovima. Adaptacija iz srpnja 1982. g. pokazala je da su drveni stupovi u Čardaku vjerojatno zamijenjeni stupovima od opeke još u vrijeme Vojne krajine, a nakon proglašenja Krajiškoga temeljnog zakona iz 1807. Sigurno je, međutim, da su i Englezi iz Tvornice tanina znatno izmijenili njegov izgled, posebice unutarnji razmještaj i uređenje prostorija te, kako se pretpostavlja, oblik i veličinu prozora na katu. Za potrebe Muzeja, prije svega za izlaganje kulturnopovijesne građe, adaptacijom iz 1982. g. uklonjeni su zidovi između stupova u unutarnjem dijelu prizemlja. Kao rijedak kulturnopovijesni spomenik i spomenik arhitekture, Graničarski je čardak zaštićen i registriran kao spomenik kulture A-kategorije.
U drugoj polovici 1990-ih godina Čardak je građevinski saniran te pripremljen za stalni postav.

Zgrada Agencije građena je sredinom 19. st., u vrijeme kada je Savom na stalnoj liniji od Siska do Zemuna plovio prvi hrvatski parobrod "Sloga". S obzirom na to da je Županja bila vrlo važno pristanište između Zemuna i Siska, zacijelo je tada podignuta zgrada koja je služila kao skladište parobrodske agencije. Otuda njezin današnji naziv. Međutim, vjerojatno se na mjestu Agencije prije sredine 19. st. nalazila pogranična postaja, raštel (rastellum) u kojemu je obavljana razmjena roba s trgovcima iz Bosne. Nakon Drugoga svjetskog rata u Agenciji je bio Omladinski dom i Auto-škola, a 1977. g. predana je Muzeju na uporabu. Agencija je registrirani spomenik kulture. Tijekom 2000. i 2001. g. u njoj je uređen stalni etnološki postav.

Zbog stalnoga nedostatka prostora, prije svega za spremanje i čuvanje muzejske građe, još je tijekom 1969. i početkom 1970. g. Stjepan Gruber izgradio spremište u blizini Čardaka. Međutim, kako je ta manja zgrada svojim kapacitetom bila nedostatna za sve veće potrebe Muzeja, a s vremenom je i dotrajala, 2002.-2003. g. izgrađen je novi objekt spremišta s uredima na mjestu staroga depoa.
Uz glavne objekte, Čardak i Agenciju, te novu zgradu depoa u blizini Čardaka, Zavičajni muzej Stjepana Grubera ima još jedan manji objekt smješten u blizini Agencije, površine 16,5 m2, a prostor između Čardaka i Agencije dopunjuje muzejski park.
U 2006. g. Muzej je, u suradnji s Konjogojskom udrugom Stari graničari iz Županje, a zahvaljujući sponzorstvu Ministarstva poljoprivrede i šumarstva RH, sagradio privremeni objekt – drvenu nadstrešnicu za održavanje različitih manifestacija, ponajprije Konjarskih vatri koje se već nekoliko godina održavaju u sklopu Šokačkoga sijela. Taj će objekt tijekom godine služiti i za povremeno izlaganje većih muzejskih predmeta (zaprežnih kola, saona, parizera i sl.).